Ņukšu pagasts ir viena no Ludzas novada administratīvajām teritorijām tā dienvidos. Robežojas ar Inaudas, Pildas un Pureņu pagastiem, kā arī Rēzeknes novada Stoļerovas un Kaunatas pagastiem.
Pagasta zeme atrodas Latgales augstienes Rāznavas pauguraines ziemeļu malā, ziemeļaustrumu daļa-Rēzeknes pazeminājumā. Augstākie pauguri slienas Zofinā, pie Bulišiem un Rosicas. Šeit ir ūdensšķirtnes josla starp Daugavas un Veļikajas baseiniem. Pagastā ir 16 ezeri: Pildas, Lielais Zurzu, Mazais Zurzu, Opolais Snidzins, Sleinovas, Bečeru, Antoslovas, Gaveiku, Vorkaļu, Asareits, Lielais Peisaņs, Mazais Peisaņs un Veseru. Cauri pagasta austrumu daļai tek pagasta lielākā upe – Pilda, ar pieteku Leičupeite (Kivdolica). Pārējo teritoriju saposmo mazas upītes un strauti (Gaveiku upīte, Šingarkas strauts). ~30% pagasta teritorijas aizņem meži (Rindu mežs). Ieplakās iegūluši mazi purviņi (Čižiku purvs, Zīļu purvs).